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WES绘制胸腺上皮肿瘤突变图谱,揭示潜在关键基因和治疗靶点

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导语


胸腺上皮肿瘤(TET)是前纵隔最常见的原发肿瘤,包括胸腺瘤和胸腺癌,其中胸腺癌为高度恶性,常伴发副肿瘤综合征,严重影响预后。目前手术为首选治疗方式,但晚期及复发难治性患者对现有系统性治疗反应有限。临床亟需阐明TET分子机制,以挖掘新的治疗靶点与策略。


江苏省人民医院高雯教授团队与37000vip威尼斯合作,通过全外显子测序(WES)技术,系统绘制TET的基因突变图谱和通路特征,并发现潜在驱动基因和治疗靶点。该研究为理解TET的分子机制提供了新视角,也为开发新的诊疗策略奠定了重要基础。相关成果已于近日发表在BMC Cancer。


研究内容


研究纳入了24例TET患者(18例胸腺癌,6例胸腺瘤),采用WES测序分析肿瘤组织基因突变特征,并重点探索了激素相关通路异常。


1、胸腺上皮肿瘤基因图谱和通路特征


RHPN2基因是TET中最常见的突变基因,突变率为45.8%。其他高频突变基因包括TTN(29.2%)、BRD9(25.0%)和TP53(25.0%)等。拷贝数变异分析识别出16个扩增区域和5个缺失区域,包含CDKN2A、CDKN2B、MTAP、EGFR等癌症相关基因。KEGG与Hallmark富集分析显示,TET相关基因主要集中在cAMP、PI3K-Akt及细胞凋亡等经典肿瘤信号通路,以及胰岛素分泌通路、甲状旁腺激素合成等激素合成与分泌通路。此外,基于ImmPort数据库TET 相关基因富集于DNA损伤修复、炎症反应及细胞因子等免疫相关通路。


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图1. TET基因图谱特征和通路分布


2. RHPN2与胸腺上皮肿瘤预后不良相关


基于MutSigCV算法,RHPN2基因为显著突变基因。生存分析显示,与未突变患者相比,携带RHPN2突变的患者无进展生存期(PFS)有较短趋势(13.2个月 vs 未达到)。通路分析显示,RHPN2突变不仅与Notch、P53等致癌通路相关,更与甲状腺激素、甲状旁腺激素通路异常关联。



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图2. RHPN2基因与TET预后不良相关


3. 胸腺上皮肿瘤的基因组特征与潜在治疗靶点


TET总体肿瘤突变负荷(TMB)较低,中位TMB为 1.90(范围:0.38–6.24)突变/Mb,TC的TMB显著高于THYM(1.95 vs 1.1 突变/Mb)。突变特征以“年龄”和“DNA 错配修复”为主,APOBEC与BRCA相关特征在TC中更为富集,提示TC可能对免疫治疗更敏感。进一步分析发现,45.8%的TET患者携带潜在可用药突变,涉及PIK3CA、EGFR、CDK2与ERBB2等基因。


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图3. TET的基因组特征与潜在治疗靶点


研究结论


本研究通过全外显子组测序,系统性描绘了胸腺上皮肿瘤独特的基因突变图谱特征。研究揭示了TET患者中RHPN2作为显著突变基因与不良预后和激素相关通路异常关联。研究成果不仅深化了对TET发病机制的认识,也为开发激素靶向联合治疗策略指明了新方向,为TET的分子诊疗进展提供重要参考。


专家简介


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高雯 教授

江苏省人民医院

主任医师,教授,医学博士,博士生导师


  • 作为第一完成人获得中华医学科技奖青年科技奖、省医学新技术引进奖等多个科技奖励。发表SCI论文数十篇,获国家发明专利1项。完成多项多中心临床研究以及研究者自主发起临床研究。主持多项国家自然科学基金、江苏省自然科学基金。
  • 美国MD.安德森癌症中心(MD. Anderson Cancer Center)胸部肿瘤中心访问学者

  • 江苏省“科教强卫”医学重点人才

  • 江苏省333高层次人才

  • 江苏省六大人才高峰

  • 南京医科大学优秀中青年教师培养计划(学术带头人)

  • 江苏省人民医院拔尖人才

  • 江苏省医学会肿瘤学分会青委会副主委

  • 江苏省免疫学会青委会常委

  • 中国临床肿瘤学会(CSCO)中青年专家委员会委员

  • 中华医学会肿瘤学分会中青年专家组委员

  • 中国初级卫生保健基金会肺癌生物标志物管理委员会 常委


参考文献

Zhang, Yuqi, et al. "Genetic alterations and aberrant hormonal pathways in thymic epithelial tumors." BMC cancer (2025).